Jerzy Cisek pracuje na Wydziale Mechanicznym Politechniki Krakowskiej od 1991 roku, bezpośrednio po ukończeniu studiów na kierunku Mechanika i Budowa Maszyn (specjalność: Silniki Spalinowe). Aktualnie zatrudniony jest w Katedrze Pojazdów Samochodowych. W roku 1998 otrzymał tytuł doktora nauk technicznych, a w 2016 roku stopień doktora habilitowanego w dyscyplinie Inżynieria Mechaniczna. Jest audytorem laboratoriów badawczych. Jest sekretarzem Komisji Motoryzacji PAN w Krakowie oraz współzałożycielem Polskiego Towarzystwa Naukowego Silników Spalinowych (PTNSS) oraz należy do Polskiego Instytutu Spalania. Jego zainteresowania naukowe skupione są głównie na analizie przycznowo-skutkowej wpływu zmian parametrów konstrukcyjnych, regulacyjnych i paliwowych silników z zapłonem samoczynnym na przebieg procesów wtrysku, samozapłonu i spalania paliwa w cylindrze silnika pod kątem parametrów energetycznych i składu spalin.
Jest autorem lub współautorem 85 publikacji naukowych oraz 2 patentów. Był koordynatorem w dwuletnim, Międzynarodowym Projekcie Badawczy oraz był kierownikiem dwóch, trzyletnich projektów badawczych zleconych przez Komitet Badań Naukowych oraz Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, dotyczących analizy procesu spalania w silnikach z zapłonem samoczynnym. Ponadto był głównym wykonawcą w 9 projektach badawczych KBN. Prowadził badania w 38 projektach realizowanych na zlecenie przemysłu. Brał udział jako referent w kilkudziesięciu krajowych i zagranicznych konferencja naukowych oraz techniczno-naukowych, w tym również poza Europą. Brał czynny udział w pracach komitetów organizacyjnych i naukowym kilkunastu konferencji. Jest recenzentem Wydawnictwa Naukowego Politechniki Krakowskiej. Jest promotorem dwóch prac doktorskich.
Obszary prowadzonych prac badawczych:
Inżynieria mechaniczna, mechanika i budowa maszyn, silniki spalinowe, konwencjonalne i alternatywne paliwa dla silników z zapłonem samoczynnym, proces wtrysku samozapłonu i spalania Paliwa, oczyszczanie spalin.
Obszary tematyczne realizowanych prac dyplomowych inżynierskich i magisterskich:
- badawcza analiza wpływu ciekłych paliw alternatywnych do silników z zapłonem samoczynnym na parametry energetyczne i skład spalin,
- badawcza analiza wpływu parametrów regulacyjnych silników z zapłonem samoczynnym na parametry energetyczne i skład spalin,
- badawcza analiza wpływu parametrów konstrukcyjnych silników z zapłonem samoczynnym na parametry energetyczne i skład spalin,
- badawcza analiza wpływu dodatków do paliwa dla silników z zapłonem samoczynnym na parametry energetyczne i skład spalin,
- badawcza analiza wpływu metod post-procesowych (konwertory katalityczne lub filtry cząstek stałych) silników z zapłonem samoczynnym na parametry energetyczne i skład spalin,
- oraz inne do uzgodnienia.